Orgulje su pretežito crkveni instrument. Svoje podrijetlo vuku od predkršćanskog doba. Nastale su najvjerojatnije od pastirskih frula. U povijesti glazbe spominje se da su 757. godine i službeno ušle u prostore crkve. Tada je bizantinski car Konstantin Kopronymos darovao male orgulje s olovnim sviralama franačkom kralju Pipinu Malom. U devetom stoljeću, na molbu pape Ivana VIII., bavarski ih biskup daruje Rimu zajedno s orguljašem. Tek na Milanskom saboru 1287. godine Crkva ih je službeno odabrala za svoj instrument. Gotovo tri stoljeća kasnije Tridentski sabor obrazložio je kako su vrlo prikladne u liturgiji po karakteru i naravi za sveto pjevanje. Od tada postaju nezaobilazni inventar crkvenog prostora. Crkva se toliko suživjela s njima da ih je prozvala svojim tradicionalnim glazbalom.

Orgulje spadaju među najveće i najsloženije glazbene instrumente. Dobile su i počasni naziv “kraljica instrumenata” jer imaju mogućnost imitacije bezbrojnih instrumenata. Sredinom prošlog stoljeća papa Pio XII. rekao je da među instrumentima u crkvi prvo mjesto zauzimaju orgulje. Njihovo sviranje čini obrede svečanijima, a vjernike duhovno obogaćuju jer diraju slušatelje svojom ozbiljnošću i mekoćom zvuka te dušu snažno podižu k Bogu i nadnaravnim stvarima. Crkva je na Drugom vatikanskom saboru sažela svoje izjave o orguljama i još jednom istaknula da “treba uvelike cijeniti orgulje sa sviralama kao tradicionalno glazbalo i to zato što njihov zvuk može crkvenim obredima dati divan sjaj.”157

Orgulje su lijep, ali i skup instrument. Da ih je za ovu crkvu trebalo kupiti, tko zna kada bi se to moglo. No, bila je sreća što su franjevci u Grazu planirali sebi nabaviti nove orgulje, pa su svoje dosadašnje klasične orgulje s 30 registara, dva manuala i pedalom darovali ovoj crkvi. Stare su to orgulje. Izradio ih je Franc Goršič iz Ljubljane 1886. godine za gradačku crkvu. Izvorno su bile mehaničke s 23 registra. Uz redovito održavanje bile su 1965. godine temeljito obnovljene i proširene kako bi zadovoljile potrebe crkve, a da bi dobile svečaniji ton, bili su im dodani novi, svijetli registri. Klasični mehanički prijenos je dotrajao pa je bio zamijenjen elektromagnetskim, a uz to bio je nabavljen i novi dvomanualni Laukufov sviraonik s elektromagnetskim sustavom. Drugi manual dobio je pet novih registara (C – g”’):
Flöte 4′
Octav 2′
Cymbel 3 fach 1′
Krummhorn 8′
Schalmei 4′
a u pedalu su postavljena još dva registra (C – f’):
Rauschwerk 2 fach 2 2/3′ i
Posauna 16′
Svim starim registrima u manualima dodane su još dvije svirale kojima je manual proširen na 56 tonova (C – g”’), a pedalnim registrima dograđene su tri svirale, pa pedal ima 30 tonova (C – f’). Tako proširene orgulje sada imaju 30 registara. Obnovu je izvela orguljarska tvrtka iz Graza Hopferwieser.

Darovane orgulje rastavila je 2003. godine te potom temeljito obnovila i 2005. godine u ovu crkvu postavila tvrtka «Glazbalar» pod vodstvom graditelja i restauratora orgulja Marka Rastije iz Zagreba. Sada se nalaze na koru u niši ispod tornja. Prospekt je postavljen u tri dijela i uklopio se u arhitekturu crkve. Novo drveno kućište riješio je dipl. ing. arh. Aleksandar Bašić. Registri su raspoređeni u tri manuala. Prvi i treći manual s pedalom odgovara prvotnim Goršičevim orguljama, a dodanih pet registara u drugom manualu i Principal 8′ dodan na zadnjoj obnovi, čišćenju i montiranju u Čakovcu, čine drugi manual. Orgulje sada imaju 31 registar. Stari dvomanualni sviraonik zamijenjen je rabljenim tromanualnim sviraonikom s elektromagnetskim sustavom koji je izradio Antun Feicht iz Paderborna. Orgulje imaju plemenit, pun, bogat, okrugao zvuk zbog širokih menzura svirala.

Dispozicija sadašnjih orgulja izgleda ovako:
I. MANUAL ( C – g”’ )
1. Prinzipal 16′
2. Prinzipal 8′
3. Rohrflöte 8′
4. Gemshorn 8′
5. Octav 4′
6. Traversflöte 4′
7. Nasard 2 2/3′
8. Nachthorn 2′
9. Cornett 3 fach
10. Mixtur 4 fach 1 1/3′
11. Trompete 8′
12. Clairon 4′

II. MANUAL ( C – g”’)
13. Prinzipal 8′
14. Flöte 4′
15. Octav 2′
16. Cymbel 3 fach 1′
17. Krummhorn 8′
18. Schalmey 4′
19. Tremolo

SPOJKE
20. Manual II-I
21. Manual III-I
22. Manual III-II
23. Pedal I
24. Pedal II
25. Pedal III

III. MANUAL (C – g”’)
26. Geigen Prinzipal 8′
27. Gedeckt 8′
28. Salicional 8′
29. Prästant 4′
30. Terzian 2 fach 1 1/3′

PEDAL: C – f’
31. Prinzipalbass 16′
32. Subbass 16′
33. Quintbass 10 2/3′
34. Octavbass 8′
35. Rohrpommer 8′
36. Octavbass 4′
37. Rauschwerk 2 fach 2 2/3′
38. Posaune 16 ‘

POMAGALA
Auslöser
Zungen ab
Kop. aus Walze
Walze ab
R I
R II (slobodna kombinacija)
R III (slobodna kombinacija)
Tutti
Valjak